In 1960 stichtte de Geschied- en Heemkundige Kring Sint-Guthago - met de Zwinstreek als werkingsgebied - een poldermuseum in Lissewege. Het verhuisde in 1969 naar het Oud Schoolgebouw in Heist en kreeg de naam Heemkundig Museum Sincfala voor polder en visserij, onder beheer van een vzw. Johan Ballegeer was de eerste conservator.
Tijdens de eerst jaren ijverden een aantal vrijwillige pioniers om het vele landbouwalaam en vissersgereedschap te verzamelen, dat in de jaren 1960 en 1970 door een technische evolutie dreigde verloren te gaan. Het museum werd dan ook een typisch heemkundig museum waar verschillende ambachten en hun werktuigen werden gepresenteerd.
Museum Sincfala werd vanaf 1998 helemaal heringericht met de bouw van een permanente tentoonstelling over de ontstaansgeschiedenis van de unieke Zwinstreek die vooral stilstaat bij de evolutie van een vissers- en plattelandsgemeenschap tot een toeristische badstad. In 2006 kwam er dan een nieuwe tentoonstellingsruimte met een oppervlakte van 300 m² die 2000 jaar Zwinstreek uit de doeken deed.
In 2022 werd het totaal vernieuwde museum geopend met een nieuwe hal, het vernieuwde paviljoen en atelier. De klemtoon ligt nu op het verleden, het heden en de toekomst van Knokke-Heist. Dit boeiende verhaal wordt via de modernste technieken op het gebied van beleving aan de man gebracht. Een echte metamorfose dus!
In 2024, na een grondige opfrissingsbeurt, zal ook het Oud Schoolgebouw heropend worden.